甲型流感病毒（IAV）在全世界的鳥、豬和人當中都有分布，可導(dǎo)致重要的地方性疾病，感染世界各國的宿主。本研究由Andres Diaz等人進行，旨在進一步了解該病的流行病學(xué)特性，幫助未來實現(xiàn)更有效的控制措施。研究發(fā)表在PLOS One（網(wǎng)上第一公共科學(xué)圖書館）上。
IAV的分段基因組使得不同IAV在感染當中之間能夠交換基因段并繼續(xù)復(fù)制，從而促成可能具有大流行潛力的新奇重排IAV的出現(xiàn)。2009年的大流行IAV含有來自北美和歐亞流行的豬IAV的基因，從而強調(diào)了豬在IAV跨物種生態(tài)學(xué)當中的重要性。
類流感疾病首次在豬當中見報是在為1918年人類西班牙流感大流行當中，該病毒于1930年首次在豬當中分離到。目前，全世界都有IAV感染發(fā)生，這種流感在豬群中被認為處于地方性流行狀態(tài)。
在美國豬群當中，IAV已經(jīng)存在了幾十年，1970年代以來的血清學(xué)普查一致顯示，IAV在豬當中普遍存在。美國豬群中的IAV的遺傳特征保持穩(wěn)定，很少或沒有檢到病毒進化，直到1998年，在豬當中檢到豬、人和禽源流感的重排H3N2病毒。后來在北美又檢到新的毒株、新的亞型和多種重排病毒。
有證據(jù)顯示多重人類IAV被引入，包括2009H1N1大流行病毒，注入到美國流通的IAV當中，從而大大增加了該病毒的遺傳多樣性。當代養(yǎng)豬方法和場間及地區(qū)間生豬運輸加大了IAV的多樣性，造成豬群中的IAV更難控制。
然而，關(guān)于豬群的IAV引入頻率和維持方面的信息還很有限。
IAV感染在美國中西部很常見，并且各個豬群可能全年對多種IAV呈陽性，不論有無臨床癥狀以及是否進行免疫接種。
盡管個體豬只的流感感染持續(xù)時間很短（5-7天），但豬群的IAV感染時間可能延長（數(shù)周或數(shù)月）?？紤]到種群動態(tài)，以及IAV在豬場中流傳時間延長的情況，重排的風(fēng)險多半會增加。
此外，人源IAV毒株的引入會增加豬群中的病毒多樣性，而這種多樣性又會隨著斷奶豬向高密度養(yǎng)豬區(qū)的運輸而進一步增加。
當代美國養(yǎng)豬業(yè)大部分采用多場式生產(chǎn)系統(tǒng)。這些系統(tǒng)由分工明確的、位于不同地理位置和不同生產(chǎn)階段的設(shè)施構(gòu)成。
繁殖至斷奶（種豬）豬群進行繁殖、妊娠和分娩。大約21日齡，仔豬被斷奶，并運輸?shù)奖Ｓ龍龌驍嗄?肥育場，分別養(yǎng)到10周齡或出欄。
在種豬群里飼養(yǎng)更新動物（后備母豬）、繁殖母豬和仔豬。除了那些成批分娩的種豬場，典型情況下仔豬每天都有出生，每周的出生窩數(shù)占分娩舍母豬群的40％。
繁殖母豬每年更新率45％～55％，更新后備母豬按計劃定期引入，全場的后備母豬在1至10周內(nèi)引入。作為結(jié)果，種豬群具有很高的周轉(zhuǎn)率，這樣就造成了豬群對IAV易感性的波動。
先前研究顯示，從繁殖母豬身上發(fā)現(xiàn)到IAV不容易。然而，其他亞群體（后備母豬和哺乳仔豬）當中的IAV感染動態(tài)可能會影響IAV在種豬群的維持，或造成新奇毒株的出現(xiàn)。
在本研究當中，作者們的目的是確定美國中西部5個存在IAV感染的種豬場當中最不穩(wěn)定的亞群當中的IAV感染規(guī)律，以便理解種豬群當中的這些亞群作為新的IAV感染來源的相對重要性。
盡管豬在IAV生態(tài)學(xué)當中扮演著關(guān)鍵角色，但人們對豬群當中IAV的流行病學(xué)知之甚少。
要想制定有效策略來控制豬群內(nèi)和豬群間的IAV感染、降低IAV感染從豬傳染給人的風(fēng)險，就必須獲得這樣的信息。
每月對每個豬群進行采樣，連續(xù)一年，每次造訪采集30個個體鼻腔涂樣，這些涂樣來自3個亞群：
１.更新后備母豬，到場不足4周（新的后備母豬）
2.更新后備母豬，到場超過4周（后備母豬）
3.不到21日齡的新生仔豬（仔豬）。
采用實時逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈式反應(yīng)（RRT-PCR）檢測IAV，并通過混合羅杰斯梯回歸模型對不同IAV感染和豬的亞群之間的相關(guān)進行測量。
從141個族群的生豬收集了鼻腔涂樣（n = 4,190）。至少，在19.9％（n=28）樣本族群中發(fā)現(xiàn)了一個IAV陽性鼻腔涂樣，而全部鼻腔涂樣中有7.7％（n = 324）檢測結(jié)果為陽性。
經(jīng)過年度季度和采樣之后，新后備母豬和仔豬群IAV陽性風(fēng)險比后備母豬群分別高7.9（95％ CI 1.4, 43.9）倍和4.4倍（95％ CI 1.1, 17.1）。
結(jié)果顯示，在種豬群中，新后備母豬和仔豬IAV檢測結(jié)果呈陽性的機會比后備母豬群更高，并且季節(jié)對豬群IAV感染有影響。
根據(jù)這些發(fā)現(xiàn)，建議的IAV控制策略的目標應(yīng)該是在后備母豬轉(zhuǎn)入豬場之前，以及仔豬斷奶之前預(yù)防感染。
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