商品豬育種總的來(lái)說(shuō)采用的是雜交計(jì)劃，選擇決策在純繁核心群做出，而最終的屠宰豬通過(guò)商品豬群的雜交配種生產(chǎn)。
這種類型的配種計(jì)劃在商品代和父母代的生產(chǎn)當(dāng)中都利用了個(gè)體的和母系的雜交優(yōu)勢(shì)，應(yīng)用非常廣泛。
在核心場(chǎng)，候選種公豬先是出生時(shí)根據(jù)父母信息選擇，然后在經(jīng)過(guò)斷奶后性能測(cè)定、收集了諸如增重、采食量和身體構(gòu)成等信息之后再對(duì)公豬和后備母豬進(jìn)行最后選擇。
通過(guò)基于譜系和性能測(cè)定的選擇方法已經(jīng)愛(ài)這些形狀上取得了顯著的遺傳改進(jìn)。然而，對(duì)于伴性性狀（例如窩產(chǎn)仔數(shù)性狀），估計(jì)育種值（EBV）的精度通常較低，因?yàn)檫@些性狀的記錄通常在候選個(gè)體選擇的時(shí)候（斷奶后性能測(cè)定結(jié)束時(shí)）都還不存在。
在豬的育種計(jì)劃當(dāng)中，總的來(lái)說(shuō)母系育種目標(biāo)50%以上強(qiáng)調(diào)的是母系性狀，因此盡可能提高母系性狀的EBV精度是有好處的。
對(duì)于難以通過(guò)基于譜系和性能測(cè)定的方法改進(jìn)的性狀（例如母系性狀）來(lái)說(shuō)，基因組選擇方法是一個(gè)可選方案。
基因組選擇方法可提高候選個(gè)體EBV的精度，而這個(gè)屬性可以用來(lái)提高整體的遺傳改進(jìn)速度。
基因組選擇方法可以簡(jiǎn)要總結(jié)如下：從一個(gè)既有表型數(shù)據(jù)又有SNP（單核苷酸多態(tài)性）信息的已經(jīng)確定了基因型的群體中，首先估算標(biāo)記效應(yīng)，或SNP效應(yīng)。 之后，再利用這些SNP效應(yīng)來(lái)預(yù)測(cè)育種值，這個(gè)育種值通常被稱為沒(méi)有表型記錄的年輕動(dòng)物的基因組育種值（GEBV）。加裕進(jìn)行的研究顯示，基因組選擇方式可顯著改進(jìn)EBV的精度。
上述GEBV計(jì)算并不利用未確定基因型的候選個(gè)體的親本的表型或譜系信息。但研究已經(jīng)顯示，通過(guò)把未確定基因型親本的譜系和性能信息與基因型確定動(dòng)物相結(jié)合，可以進(jìn)一步提高基因組選擇方法的精度。 Legarra等人 (2009)、 Aguilar等人 (2010)、以及Christensen和Lund (2010)討論了同時(shí)采用基因型確定動(dòng)物與未確定基因型親本的信息預(yù)測(cè)EBV的方式。這種方法常被稱為基因組選擇的單步方法。傳統(tǒng)的選擇方法采用基于譜系的關(guān)系和表型來(lái)估算EBV。在單步基因組選擇方法當(dāng)中，會(huì)采用來(lái)自基因定型動(dòng)物的關(guān)系信息對(duì)基于譜系的關(guān)系信息進(jìn)行修改。
選自： The Pig Site中文
作者：Dinesh M. Thekkoot博士