用科學(xué)的方法對山羊進(jìn)行選種，主要采取系譜鑒定、本身鑒定和后裔鑒定。
系譜鑒定系譜是一只山羊祖先情況的記載，借助系譜可以了解被選個(gè)體的育種價(jià)值，過去的親緣關(guān)系和祖代對后代在遺傳上影響的程度。系譜鑒定就是分析各代祖先的生長發(fā)育、健康狀況以及生產(chǎn)性能來確定山羊的種用價(jià)值。因此，選擇種山羊時(shí)，首先要查看被選山羊的祖代資料。特別是挑選幼齡種山羊時(shí)，應(yīng)以系譜作為選種依據(jù)。一般要查看三代資料。
本身鑒定就是對候選山羊本身的表現(xiàn)進(jìn)行評定而確定其質(zhì)量的優(yōu)劣程度。主要依據(jù)本身的生產(chǎn)性能，如肉用山羊的日增重；乳用山羊的產(chǎn)奶量；毛用山羊的剪毛量；皮用山羊的毛皮品質(zhì)。同時(shí)也要考慮其他指標(biāo)，如生長發(fā)育快慢、品種特征是否明顯、體質(zhì)是否健康和健壯，外形長得好不好等。
后裔鑒定就是根據(jù)后代的品質(zhì)來選擇種山羊，多用于優(yōu)良公羊的后裔測定。
要使山羊選種達(dá)到目的，取得好的效果，在進(jìn)行山羊選種時(shí)，一是注意堅(jiān)持標(biāo)準(zhǔn)，嚴(yán)格淘汰。選種不按標(biāo)準(zhǔn)來選就達(dá)不到預(yù)定目的；選種不配合淘汰，也是達(dá)不到預(yù)定目的。二是注重選種方法。三是注意資料的登記、整理、分析。四是在查看系譜時(shí)應(yīng)注意祖代的優(yōu)點(diǎn)；也要注意祖代的缺點(diǎn)和缺陷。五是在本身鑒定時(shí)，要注意根據(jù)育種和生產(chǎn)需要確定鑒定項(xiàng)目。項(xiàng)目的確定要注意其實(shí)效性，不宜太多。六是在后裔測定時(shí)要注意條件的一致性。