貝類養(yǎng)殖中的疾病常被人們所忽視，國內(nèi)外也還沒有形成有效的防治貝類疾病的方法，但在貝類養(yǎng)殖中，人們對貝類的災害及敵害的防治目前已初步摸索出一些成功的經(jīng)驗。
養(yǎng)殖貝類的災害主要是理化環(huán)境的變遷，特別是溫度、鹽度和營養(yǎng)條件的突然改變，常常造成貝類的大量死亡，惡劣的環(huán)境條件，對貝類的卵和幼蟲，可造成嚴重的損失，對于體質(zhì)虛弱的親貝，也是一個嚴重的威脅。
環(huán)境的突變，如嚴寒的冬季、連綿的雨季、酷日的曝曬等都能使貝類周圍環(huán)境中的水溫和鹽度，超過了貝類所能忍受的能力，會造成養(yǎng)殖貝類如牡蠣、珠母貝、蚶、蛤等大批死亡。
淤泥的沉凝，泥沙的覆蓋，也會造成底棲貝類窒息而死。
油污染引起大面積海區(qū)嚴重缺氧，對貝類的危害很大。同樣，赤潮的發(fā)生也會給貝類養(yǎng)殖帶來災害。那么在生產(chǎn)中怎樣預防養(yǎng)殖貝類的這些災害，盡量減少損失呢？
應精心選擇適宜貝類的養(yǎng)殖場地，如水溫、鹽度、營養(yǎng)生物條件比較穩(wěn)定等；由于親貝和貝苗對理化環(huán)境條件特別敏感，所以在排卵孵化和培育時，對養(yǎng)殖水質(zhì)經(jīng)常進行采樣檢測，并進行污染物和赤潮的預防，在污染和赤潮發(fā)生之前，將貝類移至安全海區(qū)。
貝類養(yǎng)殖中的主要敵害有魚類、螺類、尋氏短齒蛤、章魚、海星、海燕、蟹類、海產(chǎn)渦蟲及附著生物，防治方法有：
(1)敵害魚類的防治：首先應在養(yǎng)殖區(qū)周圍欄網(wǎng)片、葦泊等防止害魚的進入，一旦有害魚進入，可用魚藤精或茶餅清除。一般魚類用1%的魚藤精乳汁即可殺除。茶餅每畝灘面用量4～7.5公斤。茶餅對縊堅有殺傷作用，故切勿在堅田使用。
(2)敵害螺類的防治：肉食性螺類也是貝類養(yǎng)殖的敵害。如紅螺、扁玉螺、福氏玉螺、斑玉螺、荔枝螺等。它們能用足包纏住貝類，待貝死亡后吃其肉，或分泌一種酸性物質(zhì)，在貝殼上穿一孔，吃食貝肉。玉螺、殼蛞蝓常潛入泥下，可用0.2～0.3％的石炭酸噴于灘面，迫使其出穴，然后捕捉。但在蜆田內(nèi)使用時，濃度應低于0.1％。
(3)尋氏短齒蛤：又稱牛皮癩，是埋棲貝類的敵害。常在5～6月份大批出現(xiàn)在貝類育苗場及養(yǎng)成區(qū)，覆蓋灘面，侵占幼貝附著的地盤或影響貝類的攝食和呼吸，甚至將貝類弊死。發(fā)現(xiàn)短齒蛤時，可組織人力采捕，或用耙、樹枝等在灘面上拖拉，拉斷足絲，使其隨潮水漂走。
(4)章魚的防治：章魚有長蛸和短蛸常在貝類養(yǎng)殖區(qū)筑穴潛居，漲潮時出穴吃食貝類，它是縊蟶、泥蚶、砂蜆、扇貝、鮑魚的敵害。在養(yǎng)殖管理中，慶經(jīng)常尋找蛸洞挖捕，或利用章魚喜在螺殼產(chǎn)卵的特點，在其產(chǎn)卵期利用螺殼捕捉。
(5)海星、海燕的防治：海星和海燕對你工潮線以下的扇貝、鮑魚、特蠣、砂蜆子等危害嚴重。海星大量繁殖時，可造成扇貝大量損失。因此，在貝類養(yǎng)殖區(qū)，必須消除海星和海燕。使用底拖網(wǎng)捕撈，捕到的海星運到陸上漚肥，不可撒碎后扔到海中。因為，海星的再生力很強，破裂的每一部分均能重新形成新的個體。
(6)蟹類的防治：蟹類能損害貝苗或成貝，尤其是日本歸侵害貝類嚴重。因此，采苗場或育苗場事先應每畝撒菜餅４公斤清除蟹類。
(7)海產(chǎn)渦蟲的防治：渦蟲是一種姜片狀的橢圓形的動物，體長3～6厘米，寬1.2厘米。春、夏在養(yǎng)殖區(qū)出現(xiàn)主要危害養(yǎng)殖的蜆子。清除渦蟲的辦法是在晴天時，每畝蜆田撒菜餅4～5公斤。
(8)附著生物的防治：貝類的附著物有藤壺、海鞘、苔藤蟲、穿孔海綿等，它們侵占養(yǎng)殖牡蠣的固著基，或附著在貝類的殼上，影響貝類的生存、攝食和呼吸。可利用藤壺與貝類繁殖的差別，正確掌握采苗季節(jié)，減少藤壺附著量，對附著在巖礁或牡蠣采苗器上的藤壺，在牡蠣附苗前清除。